Com o fim dos jogos e classificação definida dos grupos da Série D, agora inicia-se a segunda fase da competição, os jogos mata-mata, sendo dois jogos, ida e volta. Além disso, começaram 64 equipes e agora 32 mantém o sonho do acesso à terceira divisão do nacional.
Entretanto, os duelos foram definidos pelo regulamento da Série D, que os quatro primeiros do Grupo 1 enfrentam os quatro classificados do Grupo 2. Assim, fica 1ºA x 4ºB, 2ºA x 3ºB, 1ºB x 4ºA, 2ºB x 3ºA. Dessa forma se repete para todos os oito grupos da última divisão.
Além disso, passada a segunda fase, vem as oitavas de final e por meio desse sorteio já estão definidos os confrontos. Exemplo: o vencedor de Goiânia x Atlético-BA enfrentará o classificado de Novorizontino x FC Cascavel. Para as quartas de final vai valer a pontuação das oito equipes que passaram, então será 1º x 8º, 2º x 7º, 3º x 6º, 4º x 5º.
Classificados para a 2ª fase:
Bragantino-PA x Juventude Samas
Itabaiana x Floresta
River-PI x Galvez
América-RN x Coruripe
Altos x Rio Branco-AC
Salgueiro x Vitória da Conquista
Fast x Moto Club
ABC x Globo FC
Aparecidense x Tupynambás
São Luiz-RS x Cabofriense
Gama x Goianésia
Ferroviária x Marcílio Dias
Brasiliense x Real Noroeste-ES
Mirassol x Caxias
Goiânia x Atlético-BA
Novorizontino x FC Cascavel
Além disso, os clubes da esquerda vão decidir em casa por conseguirem a melhor campanha na fase de grupos.
Cronograma da Série D para as próximas fases
1ª: de 20/09 a 28/11; assim, já finalizada
2ª: 06/12 e 13/12;
3ª (Oitavas de Final): 20/12 e 27/12;
4ª (Quartas de Final): 03/01 e 10/01;
5ª (Semifinal): 17/01 e 24/01;
6ª(Final): 31/01 e 07/02.
